La Fdei venne costituita nel maggio 1976, durante un congresso di donne battiste, metodiste e valdesi, per mettere in relazione esperienze di fede diverse e attività femminili che seguivano percorsi paralleli.
In seguito si è estesa alle organizzazioni femminili nazionali luterane, avventiste, dell’Esercito della Salvezza e della Chiesa riformata svizzera.
Il lavoro della federazione è basato sul volontariato. Ogni quattro anni viene convocato un congresso per fissare le linee programmatiche e per eleggere i nove membri del Comitato nazionale, in rappresentanza delle denominazioni cristiane che la compongono. Tale Comitato organizza iniziative di studio e di ricerca e diffonde pubblicazioni periodiche e libri che promuovono “cultura al femminile”.
Il logo della Fdei rappresenta donne di vari continenti che tendono le mani in cerca di contatto e armonia. In mezzo a queste donne si delinea chiaramente la croce di Cristo, che non è definita alle estremità perché è aperta a ogni essere umano. Tra i suoi obiettivi, la Fdei promuove la dignità femminile, invitando le Chiese a sviluppare una mentalità inclusiva e ad allargare i confini dei ruoli tradizionali dove le donne sono ancora relegate.
La Fdei è particolarmente impegnata nelle iniziative volte a dissolvere la violenza e gli stereotipi di genere. Una delle attività in tal senso è stata una petizione nazionale che oggi è al vaglio della XII Commissione della Camera dei deputati.